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Superordenadores contra el coronavirus: identifican moléculas que bloquean su progresión

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Superordenadores contra el coronavirus: identifican moléculas que bloquean su progresión
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Plantan cara al coronavirus desde la informática. Ingenieros informáticos en este laboratorio están utilizando una potencia de cálculo computacional masiva contra la pandemia.

Dicen que están luchando contra un enemigo poco común. Andrea Beccari, científico informático y coordinador del proyecto E4C, asegura que, comparado con otros virus contra los que han trabajado, como el del Zika, "el coronavirus es mucho más complejo. Tiene muchas más proteínas, que tienen papeles biológicos muy diferentes".

Científicos de este proyecto de investigación europea quieren identificar moléculas que puedan bloquear la progresión del virus dentro del cuerpo humano.

El problema es que los investigadores tienen a su alcance una enorme base de datos de 500 mil millones de moléculas potencialmente eficaces. ¿Cómo identificar lo antes posible las candidatas más prometedoras?

Su solución son los superordenadores capaces de procesar 3 millones de moléculas por segundo.

"Los ordenadores son esenciales. Nos permiten trabajar al mismo tiempo con las 25 proteínas del virus implicadas en los diferentes mecanismos de infección, replicación y bloqueo del sistema inmuntario humano", explica Beccari.

La búsqueda de nuevas moléculas contra la COVID-19 también requiere que los superordenadores generen y analicen modelos y estructuras experimentales en 3D de proteínas del patógeno de la pandemia.

Carmine Talarico, químico computacional, cuenta que "de esta forma, podemos identificar moléculas que pueden ser útiles para combatir el coronavirus. O podemos replicar moléculas existentes con el mismo objetivo. Incluso podemos utilizar nuevas bases de datos de moléculas mediante modelos que han sido optimizados".

Una vez identificadas, las moléculas más prometedoras son enviadas a Bélgica.

Los investidadores infectan células humanas y animales con el virus. Luego añaden las moléculas y estudian la reacción de las células infectadas. Una investigación compleja realizada parcialmente con ayuda de un laboratorio robotizado que trabaja a presiones muy bajas, para evitar que el material biológico pueda filtrarse.

El potencial de una molécula dada puede ser determinado en apenas 48 horas. "Los brazos robóticos recogen las placas en las que tenemos las culturas celulares y el virus y las llevan a la estructura con los tubos de ensayo. Allí depositan el virus sobre la parte superior de las células e introducen la mezcla en la incubadora, que está a 37 grados, y donde la mezcla permanecerá durante dos días. Después de este par de días, los brazos robóticos extraerán las placas de la incubadora, y las pondrán en un microscopio automatizado donde serán analizadas para comprobar si estas moléculas pueden bloquear la extensión del virus", explica el virólogo Johan Neyts.

Los científicos dicen esperar que todo este trabajo ayude eventualemnte a desarrollar nuevos medicamentos eficaces contra el coronavirus a medio plazo.